В1513 году он тяжело болел, и летом по всей Европе разнесся слух о его смерти. Он угнетен не только физически, но, еще более, нравственно, в основном — войною, в которую втягиваются все новые земли и народы. Французы в Италии уже не союзники папы, а его враги, Испания заключает союз с папою для совместной борьбы против Франции, к союзу присоединяется Англия, Франция ищет поддержку у Шотландии, вступает в борьбу император Максимилиан, весь север Италии превращается в театр военных действии.
Борьба была в разгаре, когда Юлий II скончался (февраль 1513 года). Эразм был счастлив он считал воинственного папу первопричиною всеобщей взаимной вражды, — и откликнулся на его смерть язвительнейшей сатирой. «Юлий, не допущенный на небеса».
Вначале июля 1514 года Эразм покидает Англию. Теперь он знаменит, теперь не он ищет меценатов, а меценаты спорят из-за него. Но он держит путь не ко двору государя или вельможи, а в Базель, к печатнику Иоганну Фробену, который станет единственным его издателем. По дороге он получает письмо от приора (настоятеля) монастыря Стейн августинскому канонику.
Эразму предлагают возвратиться в свою обитель после двадцатилетних странствий. Эразм отказывается вернуться, ссылаясь на свою негодность к монашеской жизни, но прежде всего на то, что исполняет великое и угодное Богу дело возрождения богословия. Следующие три года проходят в новых скитаниях Базель, Лондон, Брюссель, Антверпен, Брюгге, Гент, Майнц.
В эти годы вышел в свет важнейший богословский труд Эразма — освобожденный от ошибок греческий текст Нового завета с обширными комментариями и латинским переводом, традиционным, но несколько исправленным (лишь в 1519 году Эразм заменил его собственным переводом, сделанным еще в 1505–1506 годах и существенно отличным от традиционного). Почти одновременно с Новым заветом появились девять томов сочинений святого Иеронима. Эразм подготовил к печати и прокомментировал первые четыре (эпистолографическое наследие Иеронима).
Он публикует «Воспитание христианского государя», посвящая его королю Карлу Испанскому в благодарность за должность (вернее, синекуру) королевского советника, которую он получил в 1515 году. А в декабре 1516 года его трудами и заботами появляется книжица под заглавием «О наилучшем устройстве государства и о неведомом острове Утопия» — сочинение Томаса Мора.
В1517–1521 годах Эразм жил преимущественно в Лувене. Первые два из них можно считать апогеем Эразмовой славы. Он — самая яркая звезда и светской науки, и богословия. Ему нет покоя от посетителей. Он завален письмами и подношениями. Он и досадует на эту чрезмерную популярность, и видит в ней знамение грядущего золотого века — века мира, справедливости и великого расцвета наук и искусств.
Эразм Роттердамский поставил гуманизм на службу реформе, но не порывал с католической церковью. Однако единство церкви и христианства усилиями Мартина Лютера было безвозвратно утрачено. 31 октября 1517 года Лютер выступил со своими 95-ю тезисами против индульгенций.
Началась Реформация. Консервативные богословы мигом ощутили внутреннюю связь между «новым богословием» Эразма и «Лютеровой ересью». В поправках к тексту и традиционному толкованию священных книг, в стремлении вернуться вспять, к источникам христианства, к идеям и правилам древней церкви, они увидели посягательства на католическую веру в целом — и были, по-своему правы. Среди новоявленных оппонентов были и добрые знакомцы Эразма, люди, которых он уважал и ценил. Он отбивался изо всех сил, писал одну «апологию» за другой, взывал к защите папы и императора. К богословам присоединились нищенствующие монахи-проповедники (доминиканцы и кармелиты) Эразма публично поносили в церквах.
Теперь была одна цель травли — заставить князя ученых и богословов выступить против Лютера и, тем самым, раздавить Лютера весом Эразмова авторитета. Но на это Эразм не согласен. Он предпочитает бегство, и в конце 1521 года переселяется в Базель. В Базеле ему жилось привольно и, пожалуй, даже счастливо, несмотря на все бури, бушевавшие вокруг. Реформацию, неуклонно подвигавшуюся вперед, Великую крестьянскую войну в Германии, войну в Италии. Здесь, укрытый от истошной брани врагов, он хладнокровно и трезво определил свою позицию в борьбе, которой положило начало выступление Лютера.
На первых порах он сочувствовал Лютеру всецело и, хотя от публичной поддержки уклонялся, считая, что это лишь обострит раздор, частным образом всячески его оправдывал. Потом, еще в Лувене, он пытался примирить враждующих, призывал обе стороны ко взаимной сдержанности, одновременно убеждаясь все яснее, что путь Лютера — не его путь, что если они и были союзниками, то лишь временными. И уже в Базеле, не под чужим давлением, а по собственному почину, по внутренней потребности, он отмежевался от Лютера до конца («О свободе воли», 1524).