Не многим отличалось от среднего и высшее образование. В 15 лет Ортега поступил в университет, год учился на отделении права, философии и литературы в иезуитском университете в Бильбао, затем три года в Мадриде. Сносно учили только древним языкам. Ортега писал впоследствии о «торжественных людях, повторяющих мертвые слова, дабы распространить среди новых поколений собственную несостоятельность». Недостатки школьного и университетского образования восполнялись самостоятельным чтением: в домашней библиотеке наряду с испанской классикой было множество книг на французском языке: он читает Гюго, Тэна, Сент-Бёва, Шатобриана, Стендаля, Констана, Мериме, Ренана, Барреса, Флобера, Золя, Мопассана, лучших французских поэтов и философов. По собственному признанию Ортеги, он «с детства был пропитан французской культурой». Наибольшее влияние на него оказали работы французских историков — Мишле, Тьерри, Токвиля и особенно Ренана (не столько содержание книг последнего, сколько стиль, склонность к соединению метафизики с литературой, к риторике). Конечно, в круг чтения входили греко-латинские классики, а из немцев Ортега еще в юности прекрасно знал Гёте, Гейне, Шопенгауэра и Ницше, о философии которого он вел нескончаемые споры с приятелем, Рамиро де Маэсту (в дальнейшем этот талантливый публицист станет виднейшим идеологом испанского традиционализма и будет расстрелян республиканцами в 1936 году). С английской литературой и философией Ортега познакомится много позже; она не сыграет сколько-нибудь значительной роли в развитии его идей.
При всей любви Ортеги к блестящей французской литературе и к живописи импрессионистов к французской философии у него очень быстро выработался «иммунитет». «Мы воспитывались в этой среде французского декадентства, а потому существовал риск принять в качестве самоочевидных ценностей, как нормальную культуру, то, что было, скорее, пороком, аномалией и слабостью». Интонации здесь ницшеанские; не без влияния Ницше к явлениям культуры применяются физиологические и медицинские понятия. Впрочем, интерес к немецкой философии не ограничивался вошедшим в моду по всей Европе ницшеанством. Защитив в 1904 году докторскую диссертацию «Ужасы тысячного года. Критика одной легенды», Ортега отправляется в 1905 году в Германию.
Вначале Ортега симпатизировал социализму, видел в нем общественную силу, способную провести необходимые реформы. В социализме II Интернационала Ортегу привлекали стремление к социальной справедливости, почтительное отношение к науке, достаточно высокая культура вождей рабочего движения — в Пабло Иглесиасе он видел образец гражданских добродетелей, единственного национального лидера, ведущего борьбу не за власть как таковую, а во имя высоких общественных идеалов. Марксизм Ортега, впрочем, не принимал, полагая, что догматическое учение о классовой борьбе мешает национальной консолидации. Он был хорошо знаком с трудами Лассаля и Бернштейна, но главным источником для него оставался «этический социализм» неокантианцев.
Итак, Ортега отправился в Германию в 1905 году, пробыл один семестр в Лейпциге, где занимался физиологией и психологией, штудировал три кантовские «Критики». Затем он ненадолго вернулся в Испанию, чтобы выхлопотать государственную стипендию для более длительного пребывания в Германии. В 1906–1907 годах он в течение одного семестра занимался в Берлине и около года — в Марбурге. В Берлине Ортега в основном работал в библиотеке, восполняя пробелы в познаниях, по 10–12 часов в сутки. Впоследствии, открыв для себя в конце 20-х годов труды В. Дильтея, он сожалел, что пропустил последние лекционные курсы и книги этого мыслителя, высказывавшего созвучные Ортеге идеи. Но в то время он находился под определяющим влиянием неокантианства.
В начале века Марбург оказался местом паломничества европейской молодежи, желающей получить настоящее философское образование.
Университетские годы в Марбурге — он был учеником Когена и Наторпа — подарили ему, по его собственным словам, по меньшей мере половину его чаяний и почти все его научное образование, приведя его в соприкосновение с наследием Канта. Дильтея он считал выдающимся немецким философом второй половины XIX века, и дильтеевская идея о связи между понятиями «жизнь» и «история» в значительной мере оказала влияние на его собственное творчество. Позднее Ницше и Бергсон направили его по пути философии жизни, и он пытался найти принципиальную основу жизни в области биологии. Претензиям естественных наук на исключительное господство он противится, и не только потому, что они оставляют в стороне трансцендентное. Философии здесь отдавали не только дни в университетских аудиториях и вечера в библиотеке, но и часы отдыха — ночи, когда вместе с Н. Гартманом и X. Хаймсетом Ортега обсуждал творения Парменида, Лейбница, Канта. Неокантианство было прекрасной школой, дисциплиной для ума. В дальнейшем Ортега трезво оценивал и ограниченность подхода своих учителей философия исчерпывалась теорией познания, узким оставался взгляд на историю философии — помимо Канта, в цене были Декарт, Лейбниц, Платон, но и они читались сквозь тексты Канта. В «Прологе для немцев» Ортега писал о Наторпе, что тот лет на 12–14 посадил Платона на хлеб и воду, подверг мучительнейшим истязаниям, чтобы Платон в итоге признался, что говорил он в точности то же самое, что и Наторп.