Но несмотря на все лишения он непрерывно работает, одну за другой пишет книги, в которых развивает свои взгляды, сводит их в стройную систему. Карсавин внимательно следит за событиями на родине. Он не может смириться с изгнанием: «История России совершается там, а не здесь…»
По свидетельству П. П. Сувчинского (мужа средней дочери Карсавина — Марианны Львовны), в 1927 году Карсавин получил приглашение в Оксфорд, но, к огорчению всей семьи, этого приглашения не принял. Он был призван в Каунасский университет на кафедру всеобщей истории. Семья осталась в Париже. Здесь он издает три философских сочинения: «Пери архон» (Идеи христианской метафизики) (1928), «О личности» (1929) и «Поэма о смерти» (1932). Быстро выучив литовский, Карсавин читает лекции на этом языке, целиком отдается занятиям историческими вопросами. Уже в 1929 году выходят его работы, написанные по-литовски. С 1931 года Карсавин начинает издавать шеститомное сочинение «История европейской культуры» на национальном языке.
В 1940 году вместе с университетом Карсавин переселяется в Вильнюс, а после включения Литвы в Советский Союз его отстраняют от преподавания. Он временно занимает место директора Вильнюсского художественного музея. Еще раньше Карсавин привез свою семью из Франции в Литву и поселился в Вильнюсе всем домом. Его даже прозвали «литовским Платоном». В эти годы Карсавин поставил себе задачу написать всемирную историю, понятую в свете христианской метафизики, однако этот замысел остался до конца не осуществленным.
Карсавина арестовали в июле 1949 года и приговорили к десяти годам лишения свободы. За то, что «являлся одним из идеологов и руководителей белоэмигрантской организации «Евразия», ставившей своей целью свержение Советской власти». Евразийство, как его понимал Карсавин, ставило перед собой задачу перебросить мост от эмиграции на родину, найти общий язык с коммунистами. Перед советской властью Карсавин никакой вины не чувствовал, именно поэтому он оставался в Литве, занятой советскими войсками в 1940 и в 1944 годах.
Карсавин был этапирован в Абезь. Абезь — это железнодорожная станция и поселок неподалеку от Северного полярного круга в автономной республике Коми. Там находился лагерь для заключенных, предназначенный для тех, кто по возрасту или по состоянию здоровья был непригоден для работы в каменноугольных шахтах Инты.
В лагере философ пережил необычайный духовный и творческий подъем. В этой связи вспоминаются его слова: «Тогда мысль и развивается, тогда и становится свободною, когда ее всемерно угнетают и преследуют» (1929). Здесь в 1951–1952 годах он пишет целый ряд религиозно-философских сочинений, включая «Венок сонетов» и «Терцины», в которых находит поэтическое выражение его метафизика, а также несколько статей: «О Молитве Господней», «О бессмертии души», «Апогей человечества», «Об искусстве», «По поводу рефлексологии» и еще на литовском языке: «Дух и тело» и «О совершенстве».
Карсавин говорил, что только в непосредственном общении с Богом человек из раба становится свободным. Прошла молва о лагерном мудреце, многие незнакомые ему люди приходили для беседы. Именно заключенные спасли его рукописи и рассказали о его последних днях в 1952 году. Л. П. Карсавин умер 20 июля 1952 года в лагерной больнице.
Среди собеседников Карсавина были очень интеллигентные люди: искусствовед Пунин, инженер Ванеев, считавший себя учеником Карсавина, литовский врач Шимкунас. По просьбе последнего Ванеев сделал скорбную эпитафию скончавшемуся мудрецу: «Лев Платонович Карсавин, историк и религиозный мыслитель. В 1882 г. родился в Петербурге. В 1952 г., находясь в заключении в режимном лагере, умер от милиарного туберкулеза. Л. П. Карсавин говорил и писал о Тройственно-едином Боге, который в непостижимости Своей открывает нам Себя, дабы мы через Христа познали в Творце рождающего нас Отца. И в том, что Бог, любовью превозмогая Себя, с нами и в нас страдает нашими страданиями, дабы и мы были в Нем и в единстве Сына Божия обладали полнотой любви и свободы. И о том, что само несовершенство наше и бремя нашей судьбы мы должны опознать как абсолютную цель. Постигая же это, мы уже имеем часть в победе над смертью чрез смерть. Прощайте, дорогой учитель. Скорбь разлуки с Вами не вмещается в слова. Но и мы ожидаем свой час в надежде «быть там, где скорбь преображена в вечную радость». Шимкунас одобрил текст, свернул лист в трубку и вложил в флакон с плотной крышкой.