Светлым пятном в жизни ученого были философские беседы с герцогиней Софией. Когда Лейбниц поступил на ганноверскую службу, герцогине Софии было пятьдесят лет, а ее дочери Софии Шарлотте — двенадцать. Самому философу в это время исполнилось тридцать четыре года. Мать поручила ему образование дочери. Четыре года спустя молодая девушка вышла замуж за бранденбургского принца Фридриха X, впоследствии ставшего королем Фридрихом I. Однако серьезная, вдумчивая, мечтательная София Шарлотта не могла выносить пустой и бессмысленной придворной жизни. О Лейбнице она сохраняла воспоминание как о дорогом, любимом учителе, обстоятельства благоприятствовали новому, более прочному сближению.
Еще до романа с Софией Шарлоттой, в 1696 году Лейбниц сделал предложение одной девице, но та просила времени подумать. Тем временем 50-летний Лейбниц раздумал жениться и сказал «До сих пор я воображал, что всегда успею, а теперь оказывается, что опоздал».
Первые годы 18-го столетия было счастливейшей эпохой в жизни Лейбница. В 1700 году ему исполнилось 54 года. Он находился в зените своей славы, его жизнь согревалась высокой, чистой любовью женщины — вполне его достойной по уму, нежной и кроткой, без излишней чувствительности. Любовь такой женщины, философские беседы с нею, чтение произведений других философов, особенно Бейля, — все это не могло не повлиять на деятельность самого Лейбница. Он работал над системой «предустановленной гармонии» (1693–1696). Беседы с Софией Шарлоттой о скептических рассуждениях Бейля навели его на мысль написать полное изложение своей собственной системы. Он работал над «Монадологией» и над «Теодицеей», но София Шарлотта не дожила до окончания этого труда. В начале 1705 года королева София Шарлотга поехала к матери. В дороге она простудилась и после непродолжительной болезни 1 февраля 1705 года умерла.
Лейбниц был подавлен горем. В первые месяцы после ее смерти он не мог заниматься ни философией, ни наукой. Привязанность королевы к Лейбницу была настолько общеизвестна, что посланники всех иностранных держав и другие лица сочли своим долгом нанести Лейбницу визиты с выражением соболезнования.
По смерти Софии Ганноверской (матери Софии Шарлотты) единственным близким человеком для Лейбница стала принцесса Каролина, впоследствии принцесса уэльская. Лейбниц чрезвычайно привязался к молодой принцессе. Их связывали воспоминания о покойной прусской королеве. Каролина в любви к науке немногим уступала Софии Шарлотте.
В его жизни было немало безрадостного. Долгие годы ему приходилось числиться заведующим придворной библиотекой, и в этой должности он побывал при трех сменявших друг друга ганноверских правителях. Когда последний из них, Георг Людвиг, унаследовал в 1714 году английскую корону, он не пожелал взять Лейбница с собой.
Окруженный недоверием, презрением и недоброй славой полуатеиста, великий философ и ученый доживал последние годы, оказываясь иногда без жалованья и терпя крайнюю нужду. Для англичан он был ненавистен как противник Ньютона в спорах о научном приоритете, для немцев он был чужд и опасен как человек, перетолковывающий все общепринятое по-своему. Но и прежде ему приходилось нелегко: надо было все эти годы ладить с коронованными властителями и их министрами, выполнять их подчас тягостные поручения, например по составлению родословного древа дома Вельфов. Лейбниц должен был слушаться и повиноваться. Поездки в другие области Германии, в Австрию и Италию, связанные с выполнением различных, в том числе и политических, поручений, Лейбниц использовал и для расширения научных связей, а великие научные открытия, составившие его посмертную славу, он совершил, разумеется, не с благословения ганноверских правителей, а помимо их заданий.
Горьким был личный итог жизни и деятельности Лейбница, непонятый и презираемый, притесняемый и гонимый невежественной и спесивой придворной кликой, он пережил крушение лучших своих надежд. Со свойственным ему глубоким пониманием действительности он писал: «Не будь войн, раздирающих Европу со времени основания первых королевских обществ или академий, было бы сделано очень многое, и можно было бы уже воспользоваться нашими трудами. Но сильные мира сего большею частью не знают ни значения их, ни того, что они теряют, пренебрегая прогрессом серьезных знаний».
При третьем правителе — курфюрсте Георге Людвиге Лейбницу приходилось особенно плохо. Неоднократные выговоры за «нерадивость», нелепые подозрения, прекращения выплаты денежного содержания — так был вознагражден престарелый философ за долголетнюю службу. Ему то и дело давали понять, что он больше не нужен и даром ест свой хлеб.