В школе Эндена Спиноза изучает древнегреческую философию, римскую литературу и учения Джордано Бруно. Он познал все тонкости философии Ренэ Декарта и был поражен ясностью и величием его ума. Однако уже тогда Барух проявил самобытность ума и самостоятельность мысли. Учение французского философа было им усвоено критически. Если гений Декарта раздваивал мир, то Спиноза искал гармонию, единство мира.
30 марта 1654 года умер Михоэл Спиноза. Накопленное им состояние стало предметом тяжбы между Барухом и его сестрами Мириам и Ребеккой. Спиноза долго судился, и когда дело было им выиграно, добровольно уступил капиталы своим сестрам. Зачем же он тогда судился? «Для того чтобы уяснить себе, существует ли еще в Голландии справедливость и правосудие. Богатства мне не нужны, у меня совсем иные цели».
Тем временем богатейшая голландская буржуазия создавала новую культуру. Живопись, театр, литература, выражая интересы нового общественного класса, находились в оппозиции к церкви. В стране действовало общество коллегиантов (единомышленников), защищавших свободомыслие и гуманизм. С Библией в руках члены этого общества выступали против ортодоксов-кальвинистов, жестоко преследовавших вольнодумство.
Спиноза познакомился с ними в 1655 году. Коллегианты, жаждавшие познать истинный смысл Священного писания, не могли не поставить во главе своего общества Спинозу — знатока Библии. Вначале февраля 1656 года почти все коллегианты города пришли послушать лекцию своего наставника и друга. Спиноза объявил, что только разум, естественный свет, способен познать природу, ее могущество и законы. Авторы Библии обыкновенно относили к Богу все, что превосходило их понимание, и естественных причин чего они в то время не знали.
Коллегианты с восторгом внимали речам Спинозы. После собрания его стали называть благословенный Бенедикт. Это имя закрепилось за ним навсегда.
Расставшись по собственной воле с наследством, Спиноза выбирает работу шлифовщика линз. Одержимый своей новой профессией, он вскоре становится блистательным мастером своего дела. Его линзы пользовались огромным успехом. Для философии оставалась только ночь. В течение трех месяцев он работает над «Кратким трактатом о Боге, человеке и его блаженстве». В трактате рассматривается вопрос о том, что такое Бог. По определению Спинозы, Бог «есть существо, о котором утверждается, что оно есть все или имеет бесконечные атрибуты, из которых каждый в своем роде совершенен». Спиноза не противопоставляет мир Богу, ибо в «природе все выражается во всем, и, таким образом, природа состоит из бесконечных атрибутов, из которых каждый в своем роде совершенен. Это вполне согласуется с определением, которое дается Богу». Возвеличивая природу, Спиноза отождествляет ее с Богом. Вне природы Бог ничто.
Смелое сочинение вызвало осуждение еврейской общины. 27 июля 1656 года огромная толпа заполнила синагогу. Кантор произнес древние слова проклятия, Спиноза был торжественно изгнан из общины и объявлен недостойным называться евреем. Двадцатичетырехлетний мыслитель, которого прокляли раввины Амстердамской общины, не присутствовал на этой церемонии. В день анафемы он писал руководителям общины: «То, что вы со мной намерены сделать, вполне совпадает с моими устремлениями. Я хотел уйти по возможности без огласки. Вы решили иначе, и я с радостью вступаю на открывшийся передо мной путь…»
Порвав с общиной, Спиноза вынужден был покинуть отцовский дом в еврейском квартале. В течение трех лет изгнанник жил у друзей-коллегиантов. В это время главным образом он изучал произведения английского философа Фрэнсиса Бэкона «Новый органон», «Опыты и наставления», «Новая. Атлантида».
Однако члены раввината не оставили в покое отлученного и проклятого ими философа. В конце 1659 года Спинозу выдворили из Амстердама. Он уехал на родину коллегиантов, в Рейнсбург, и жил там до середины 1663 года. Философ сблизился с простыми людьми из народа, с крестьянами и ремесленниками, часто общался с ними. Узенький переулок, в котором жил философ, они назвали «Улицей Спинозы».
Из Рейнсбурга Спиноза руководил спинозистким кружком, который был организован в Амстердаме Симоном де Врисом. Здесь же, на родине Рембрандта, философ увлекся рисованием.
На «Улицу Спинозы» приезжали друзья, ученые и оптики, там велись беседы, охватывающие широкий круг вопросов науки и политики. Летом 1661 года Спиноза познакомился с Генрихом Ольденбургом, ученым секретарем Лондонского Королевского общества (английской Академии наук). Бенедикт откровенно раскритиковал основные положения философии Декарта и Бэкона и рассказал гостю о своих взглядах на Бога и природу, на единства тела и души, на совершенство и счастье. Ольденбург отметил Богатство знаний, глубину мысли и благородство Спинозы. В течение долгих лет они вели переписку. Первый труд Спинозы, связанный с Рейнсбургом, — это «Трактат об усовершенствовании разума».