На зиму из Бари они вернулись в Рим и сразу же собрались в Лион. Но папа не хотел отпустить Ансельма, потому что на Пасху был назначен собор в Латеране. Этот собор (апрель 1099 году) возобновил все постановления церкви о дисциплине клириков симония, брак и инвеститура трактовались с прежней строгостью. Английские клирики здесь своими ушами могли слышать декрет об отлучении всех тех, кто выдавал и принимал инвеституру. Все вновь выражали горячее сочувствие Ансельму, борцу за суверенитет церкви, каким он теперь уже был в общем представлении.
Сразу же по окончании собора Ансельм и его товарищи отправились в Лион. В июле, находясь там, они узнали о смерти Урбана. Лето Ансельм провел во Франции. Он помогал своему другу Хуго Лионскому, ездил по монастырям и аббатствам, освящал, причащал. Народ, естественно, ждал от него чудес вроде исцелений, но чудеса творить Ансельм совестился и не давал себя поймать.
Вначале августа английского короля Вильгельма застрелили на охоте в лесу Через три дня его младший брат Генрих был коронован в Вестминстере. Ансельм узнал о смерти Рыжего, когда гостил в аббатстве в Оверни. Новость потрясла его, он оплакивал Вильгельма и, не переставая молиться о душе усопшего, срочно вернулся в Лион, куда начали прибывать гонцы от нового короля с требованием немедленного возвращения архиепископа Кентерберийского.
Отношения с Генрихом у Ансельма в целом складывались неплохо. Он оказал новому королю еще одну важную услугу. Когда Роберт возвратившийся из Палестины, с отрядом войск высадился в Портсмуте, большинство нормандских «танов» переметнулось на его сторону. Генрих хотел, чтобы народ присягнул ему. «Народ» же сделал арбитром в этом деле Ансельма, который поддержал Генриха и помог склонить на его сторону нормандцев.
И все же при Генрихе Ансельму тоже пришлось отправиться в изгнание. Новый король не отменил обычай инвеституры. Поэтому, когда на первой их встрече в Солсбери Генрих потребовал от Ансельма еще раз принести присягу, Ансельм воспротивился. Он только что вернулся с Латеранского собора, на котором было ясно сказано всякий, кто осмелится принять или вручить инвеституру, отлучается от церкви.
Генрих оказался в затруднительном положении если бы он отказался от инвеституры — от него уплыло бы полцарства, если бы он настаивал и пошел на конфликт с Римом — он мог быть отлучен, а в его ситуации, с недремлющим Робертом и недовольными нормандцами, это было равносильно утрате короны. И Генрих предложил передать дело на рассмотрение в Рим. Но Пасхалий не разрешил Генриху выдавать инвестиуры прелатам. Тогда Генрих отправил в Рим Ансельма.
Он высадился в Остенде и проехал через Булонь в Шартр. По дороге он везде заезжал к своим многочисленным друзьям. Лето было очень жарким, и все наперебой убеждали Ансельма, что безумие ехать в Италию в такое время. И Ансельм остался в Беке. Но уже в конце августа он был в пути. Папа не дал на общей аудиенции никаких поблажек Генриху, но было ясно, что положение недопустимо обостряется. После долгих совещаний окружение папы посоветовало ему сохранить запрет на инвеституры, но простить и не подвергать отлучению лично Генриха — примерно такая формула уже фигурировала в одном письме папы к королю, но тогда он в этом же и отказывал — по всей видимости, то был дипломатический пробный шар.
Ансельм решил вернуться во Францию и ждать там дальнейших развитий событий. Полтора года Ансельм был в Лионе, пока король вел переговоры с папой. В марте 1105 года он получил письмо от Пасхалия, сообщавшего об отлучении советников, провоцировавших короля настаивать на сохранении обычая светской инвеституры. Папа писал также, что он пока ничего не решает насчет самого короля, потому что ждет очередного посольства из Англии. Ансельм понял, что из Рима ждать нечего, и отправился на север.
По дороге он заехал в Блуа к контессе Аделе, дочери Завоевателя, сестре Генриха, которая была больна. Он пробыл с ней до ее выздоровления и сообщил ей, что направляется произнести отлучение Генриха. Контесса разволновалась. Отлучения в те времена были обычным и законным оружием в спорах о собственности. Но отлучение отлучению рознь, и получить отлучение от Ансельма было бы крупной неприятностью для Генриха, особенно теперь, когда он готовился к решающей схватке с Робертом. Адела взяла Ансельма с собою в Шартр и устроила встречу Ансельма и короля в замке «Орел» на берегу Риели (это случилось 22 июля 1105 году), и там было достигнуто примирение. Ансельм был восстановлен в правах на владение имением кентерберийской епархии.