О трудоемкости усвоения наследия Аристотеля арабоязычными мыслителями говорит хотя бы фраза, которая была написана аль-Фараби на копии аристотелевского трактата «О душе». «Я прочел этот трактат двести раз». Детальное комментирование всех трудов античных авторов требовало буквального знания и запоминания текста. Ясно, что в этой фразе содержится призыв к постоянному, многократному возвращению к одним и тем же источникам, и в этом, по-видимому, состоит один из важнейших принципов обучения философии того времени. Однажды у аль-Фараби спросили «Кто больше знает — ты или Аристотель?» Он ответил «Если бы я жил в тот период и встретился с ним и занимался бы у него, то я мог бы быть его лучшим учеником».
Результатом разносторонних научных изысканий аль-Фараби явился трактат «О классификации наук», в котором в строгом порядке были перечислены науки того времени, определен предмет исследования каждой.
По свидетельствам современников, «ничего подобного никто ранее не писал и подобного плана не придерживался, и она незаменима для изучающих науки». В Багдаде аль-Фараби основательно пополняет свои знания входит в контакт с видными учеными и довольно быстро становится самым авторитетным среди них благодаря эрудиции, силе мысли и величию характера. Но в среде догматически настроенных богословов возникает неприязнь ко всему строю мышления аль-Фараби, нацеленному на открытие рационалистических путей познания и поиски достижения для людей счастья в земной жизни, а не в потустороннем мире. В конце концов аль-Фараби вынужден покинуть Багдад. Он направляется в Дамаск, но не останавливается в нем, путь его лежит в Египет.
В своей книге «Гражданская политика» он упоминает, что начал ее в Багдаде, а кончил в Каире (Миср). После путешествия аль-Фараби вернулся в Дамаск, где прожил до конца своих дней, ведя в нем уединенный образ жизни. Несмотря на покровительство правившего в те времена в Дамаске Сайф ад-Даулы бен-Хамдани, он избегал придворной жизни, редко присутствовал на приемах.
Как-то раз в Дамаске аль-Фараби пришел к правителю Сайф ад-Дауле, когда у него происходило собрание ученых. Когда аль-Фараби вошел в зал, где правитель восседал на троне, тот предложил ему сесть. Тогда ученый спросил «Как сесть, сообразно моему сану или сообразно твоему?» «Сообразно твоему», — ответил правитель. Тогда аль-Фараби прошел мимо всех эмиров и сел около трона. Государь рассердился и сказал своему телохранителю на тайном языке, который знали только немногие посвященные: «Этот тюрк нарушил все правила приличия, поэтому когда он встанет (по окончании собрания), тогда вы накажете его за невоспитанность». Тогда аль-Фараби спросил «Я никакого проступка не совершил, за что я буду наказан?» Услышав этот вопрос, изумленный Сайф ад-Даула спросил: «Ведь в народе этого языка никто не знает, где и у кого ты его изучал?» Аль Фараби ответил «Мне пришлось изучать многие языки, я знаю больше 70 их».
В этот момент кто-то из ученых задал вопрос, и началась дискуссия среди собравшихся. Никто не мог ответить на этот вопрос, и тогда Второй учитель всесторонне разъяснил его, и никто не смог с ним спорить. Правитель обратился к аль-Фараби «Судя по всему, ты и есть тот, кого среди знатоков тайн мира называют «вторым» после Аристотеля?» Аль-Фараби ответил утвердительно. И пришлось Сайф ад-Дауле просить у него прощения за то, что не узнал мудреца и обидел его, а аль-Фараби пожелал правителю здоровья.
Обыкновенно большую часть дня он проводил на краю бассейна или в тенистом саду, где писал книги и беседовал с учениками. Свои сочинения он записывает на отдельных листах (поэтому почти все созданное им приняло форму отдельных глав и записок, некоторые из них сохранились лишь в фрагментах, многие не были закончены).
Аль Фараби был очень непритязательным человеком. Его жизненные потребности ограничивались суммой в четыре дирхема, которые он ежедневно получал из казны Сайф ад-Даулы.
Умер он в возрасте восьмидесяти лет и был погребен за стенами Дамаска у Малых ворот. Сообщают, что молитву по нему на четырех папирусах читал сам правитель.
Смерть не страшна добродетельному человеку, считал аль-Фараби. Перед лицом ее он сохраняет достоинство, не впадает в смятение и ценит жизнь, стараясь продлить ее. Добродетельный человек не боится смерти и желает продолжения жизни для совершения блага. Поэтому он не стремится приблизить смерть, но встречает ее достойно. Если такой человек умирает, то нужно оплакивать не его, в эпикурейском духе заявляет аль-Фараби, а его сограждан, которым он был нужен.