В335 году до н. э. философ прибыл туда с женой Пифиадой, с дочерью и воспитанником Никанором. В Академии в то время главою платоновской школы был Ксенократ Аристотель при поддержке македонян, и в первую очередь своего друга Антипатра, которого Александр, ушедший в поход против персов, оставил наместником на Балканах, открыл собственную школу. Правда, как иногородцу, ему разрешили открыть школу лишь за чертой города — к востоку от городской границы Афин, в Ликее. Ранее Ликей был одним из афинских гимнасиев (местом для гимнастических упражнений). Он находился рядом с местом Аполлона Ликейского, что и дало название и гимнасию, и школе Аристотеля.
На территории школы находились тенистая роща и сад с крытыми галереями для прогулки. Так как «прогулка» и «крытая галерея вокруг двора» по-древнегречески «перипатос», то школа Аристотеля получила второе название — «перипатическая». Правда, существует и другая версия возникновения этого названия. Аристотель учил, прогуливаясь по тенистым аллеям. Диоген Лаэртский говорит, что эта привычка развилась вследствие заботы Аристотеля об Александре, которому он запрещал много сидеть. От этой привычки и получило название школа.
Вскоре после переселения Аристотеля в Афины умерла жена его Пифиада, Аристотель горько оплакивал свою потерю и воздвиг ей мавзолей. Через два года после ее смерти он, однако, женился на своей рабыне Гарпимиде, от которой родился у него сын Никомах.
Аристотель вел занятия два раза в день — утром и вечером, по утрам он беседовал о трудных предметах с учениками, знакомыми с началами философии, а по вечерам учил начинающих. Ксенократ, имея много учеников, установил для них определенную дисциплину, назначал по очереди архонтов и устраивал им банкеты. Это понравилось Аристотелю, и он ввел такую же традицию в своей школе, добавив новое правило, чтобы на банкеты ученики являлись не иначе, как в чистой одежде. Это характеризует Аристотеля и выдает неряшливость других философов его времени.
Аристотель рано начал учиться и поздно начал учить, в этом состоит его преимущество За исключением лет, отданных Александру Великому, он всю жизнь посвятил получению знаний и самостоятельной работе мысли. Аристотель утверждал, что после пятидесяти лет умственные силы слабеют, это пора, когда надо пожинать то, что раньше посеял.
Большая часть его сочинении написана в Афинах в последние тринадцать лет его жизни. Такой труд способен был поглотить все время. В те годы, когда Аристотель создавал свои сочинения и терпеливо разъяснял своим ученикам особенности своей философии, Афины представляли собой настоящий вулкан, готовый к извержению. Ненависть к македонянам клокотала в сердцах афинян и грозила произвести разрушительное опустошение. Второй афинский период целиком совпадает с периодом походов Александра Македонского, иначе говоря, с «эпохой Александра». Аристотель пытался внушить Александру мысль о принципиальном различии греков и негреков. Его открытое письмо Александру «О колонизации» успеха у царя не имело. Последний повел на Ближнем Востоке совсем иную политику он препятствовал смешению пришлого, греческого, и местного населения. Кроме того, он вообразил себя восточным деспотом-полубогом и требовал от своих друзей и соратников соответствующих почестей.
Племянник Аристотеля Каллисфен, бывший историографом Александра, отказался признать превращение македонского монарха в фараона и был казнен, что привело к охлаждению отношений между бывшим воспитанником и бывшим воспитателем. Неожиданная смерть тридцатитрехлетнего Александра в Вавилоне (который он предполагал сделать столицей своей державы) 13 июня 323 года до н. э. вызвала в Афинах антимакедонское восстание, в ходе которого представители промакедонской партии были подвергнуты репрессиям.
Хотя Аристотель держался в стороне и вел себя как истинный мудрец, положение его с каждым днем становилось опасным. Не имея веских причин для его изгнания, афиняне обвинили его в неуважении к богам. Верховный жрец Элевсинских таинств предъявил ему стереотипное обвинение в кощунстве. Поводом для этого послужило стихотворение Аристотеля на смерть Гермия. Оно квалифицировалось как пеан — гимн в честь бога, что не подобало смертному, а потому считалось кощунством. Не дожидаясь суда, Аристотель передал управление Ликеем Теофрасту и покинул город, чтобы афиняне вторично не совершили бы преступления против философии, он имел в виду смерть Сократа.