Совместно с Эммой Мартин она великолепно организовала постоянную помощь больнице из Европы. Таким образом, заслуга Елены Швейцер в осуществлении дела, которому посвятил свою жизнь ее муж, весьма велика.
В 1923 году, в Верхнем Шварцвальде, в городке Кенигсфельд, Швейцер построил дом для своей жены и ребенка. Он не хотел уезжать в Африку, пока дом не будет готов. Много времени провел он со строителями. Часто, засучив рукава, он и сам брался за работу. С неизменным рюкзаком на спине, он приезжал на велосипеде на строительную площадку, минуя французскую границу. В ту пору послевоенная Германия переживала период острейшей инфляции, и строители радовались куску мяса и даже хлеба куда больше, чем любому вознаграждению в обесцененных денежных знаках.
Отъезд в Африку был назначен на начало 1924 года. Вернувшись в Ламбарене, Швейцер нашел больницу в руинах. Его новая больница постепенно превратилась в комплекс из 70 зданий, в ее штат входили врачи и медсестры из числа добровольцев. Комплекс строился как типичное африканское селение, электричество было проведено только в операционные. Вокруг свободно бродили животные, и членам семьи разрешалось ухаживать за больными во время выздоровления. Целью Швейцера было вызвать доверие туземцев, оказывая им помощь в знакомых для них условиях. К началу 1960-х годов в больнице Швейцера размещалось 500 человек.
Периоды работы в Африке Швейцер чередовал с поездками в Европу, во время которых читал лекции, давал концерты, чтобы собрать средства для больницы. Он был удостоен многих наград.
В 1928 году город Франкфурт наградил его премией имени Гете, воздав должное «гетевскому духу» Швейцера и его служению человечеству. Когда в 1939 году в Европе началась война, лекарства для Ламбарене стали поступать из США, Австралии, Новой Зеландии. После войны поток грузов возрос.
После войны ученый встречался с Альбертом Эйнштейном. Швейцер уверял Эйнштейна, что разум и нравственное начало возобладают над слепыми разрушительными инстинктами, что в мировом общественном мнении произойдут глубокие изменения, которые должны неизбежно повести к отказу от войн.
В 1951 году Швейцер получил премию Мира западногерманской ассоциации книгоиздателей и книготорговцев. В том же году он был избран членом Французской академии.
В 1953 году Швейцер находился в Ламбарене, когда пришла весть о присуждении ему Нобелевской премии мира. Представитель Норвежского нобелевского комитета Гуннар Ян отметил: «Швейцер показал, что жизнь человека и его мечта могут слиться воедино. Его работа вдохнула жизнь в понятие о братстве, его слова достигли сознания бесчисленных людей и оставили там благотворный след». Швейцер не мог оставить своих обязанностей в Африке, чтобы присутствовать на церемонии награждения, поэтому премию принял французский посол в Норвегии На деньги, полученные от Нобелевского комитета, Швейцер построил лепрозорий недалеко от больницы в Ламбарене.
В конце 1954 года великий гуманист и мыслитель отправился в Осло, где 4 ноября выступил с Нобелевской лекцией «Проблемы мира». В ней он выразил убежденность, что человечество должно отказаться от войн по этическим причинам, так как «война делает нас виновными в преступлении бесчеловечности». По его мнению, лишь тогда, «когда идеал мира укоренится в людском сознании, можно будет ожидать эффективной работы учреждений, призванных оберегать мир».
В 1957 году Швейцер выступил с «Декларацией совести», переданной по радио из Осло. В ней он призвал всех простых людей мира объединиться и потребовать от своих правительств запрещения испытаний ядерного оружия. Вскоре после этого 2 тысячи американских ученых подписали петицию о прекращении атомных испытаний. Бертран Рассел и Кэнон Коллинз в Англии развернули кампанию за ядерное разоружение.
В 1958 году начались переговоры о контроле над вооружениями, которые пять лет спустя завершились формальным договором сверхдержав о запрете на испытания.
Деятельность Швейцера оценивали по-разному. Некоторые считали его медицинскую практику в джунглях расточительством таланта, другие обвиняли его в бегстве от жизни. Джеральд Макнайт в книге «Вердикт Швейцеру» назвал Ламбарене местом, где Швейцер мог осуществлять абсолютную власть. Многие журналисты считали патерналистское отношение Швейцера к пациентам реминисценцией времен миссионерства. Критики отмечали и его непонимание националистических устремлений Африки, жесткое, авторитарное обращение с помощниками, кое-кто из посетителей говорил о низком уровне санитарии в больнице Швейцера.