С 1920 года Лосский читал лекции в Народном университете. Будучи принципиальным противником революционно-социалистического мировоззрения, Николай Онуфриевич не счел возможным стать членом Вольной Философской Академии (Вольфила), однако на одном из ее заседаний выступил с лекцией «Бог и органическое миропонимание». Попытка Лосского и Э. Радлова организовать журнал «Мысль» закончилась неудачей. Они успели выпустить лишь три номера журнала, набор четвертого (в котором печаталась рецензия на «Философию живого опыта» А. Богданова) был рассыпан, а сам журнал закрыт. Осенью того же года Лосский вместе с И. Лапшиным и большинством сотрудников кафедры философии за защиту догмата троичности Лосского были уволены из Петербургского университета. Сильное нервное расстройство, последовавшее за отставкой, послужило причиной тяжелой желчно-каменной болезни. По совету врачей Лосский намеревался отправиться в Карлсбад и уже через президента Чехословакии Т. Масарика добился получения визы, однако оказался в Чехословакии совсем по другой причине. В ноябре 1922 года его вместе с группой известных ученых и общественных деятелей выдворили за пределы Советской России.
По совету П. Струве Лосский решил обосноваться в Праге, где продолжил преподавательскую и научную работу. Он читал лекции в Русском университете, организовал лекторат в Брно, ездил с циклами лекций в Варшаву, Париж, Лондон, Белград, посетил США, Швейцарию. До 1930 года Лосский получал профессорскую стипендию из фонда «Русской акции», а также единовременные пособия из канцелярии президента. Чехословацкие президенты Т. Масарик и Э. Бенеш были не чужды философии, а имя Лосского к тому времени стало широко известным.
Экономический кризис 1929 года, рост антиславянских настроений в Праге, наконец, оккупация Чехословакии в 1939 году делали жизнь философа еще более тяжелой он лишился преподавательской работы и в конце 1941 года принял предложение занять место в Братиславском университете. Здесь он прочел массу разнообразных лекций (от философии Хомякова и Соловьева до анализа неокантианства и неопозитивизма), оставил после себя сторонников интуитивизма, влиявших на философскую жизнь Словакии и в послевоенные годы.
В эмигрантский период Лосский продолжал развивать свою философскую систему. Главную задачу он видел в переходе от теоретической философии к практической, а с 1923 года занимался историей русской философии. Сочинения Лосского этого времени глубоко религиозны, направлены на поиск идеала абсолютного добра и красоты. В понимании Лосского «субстанциональные деятели» абсолютно свободны и тем самым абсолютно ответственны за свои поступки. В природе и обществе одновременно действуют прогресс и регресс, в зависимости от свободного выбора «субстанциональных деятелей». Вследствие своего эгоизма многие «субстанциональные деятели» вступают в противоборство друг с другом и образуют наш грешный мир, или царство вражды. Те же, кто вступают друг с другом в отношения любви и гармонии, достигают «конкретного единосущия» и образуют Царство Божие, в котором нет разобщенности и материальности.
Царство Божие и пути его достижения — важнейшая тема книг философа. Лосский рассматривал свою книгу «Достоевский и его христианское миропонимание» (1953) как апологию христианства в преломлении через творчество великого писателя. Мировоззрение Лосского наложило существенный отпечаток на его послевоенные сочинения. В работе «История русской философии» (1951) он особенно подчеркивает реализм и интуитивизм русских философов, утверждает обязательность и прогрессивность христианских принципов в философии.
В книге «Характер русского народа» (1957) выделяет определяющие черты русского характера. На первое место Лосский ставит религиозность русских. Как объяснить тогда победу атеистической коммунистической власти? «У русских революционеров, ставших атеистами, вместо христианской религиозности явилось настроение, которое можно назвать формальной религиозностью, именно страстное, фанатическое стремление осуществить своего рода Царство Божие на земле, без Бога, на основе научного знания.
«Могучая сила воли, страстность отличают русских. Это проявляется в быту, в политической и религиозной жизни. Максимализм, экстремизм, фанатическая нетерпимость — проявления такой страстности». Лосский напоминает о старообрядцах, готовых к самосожжению, пишет о лихости казаков, фанатизме большевиков. Заметив какой-либо недостаток и нравственно осудив его, русский человек преодолевает его и вырабатывает в совершенстве противоположное качество.