После неудавшегося сватовства ему наконец-то удалось приобрести благосклонность и доверие королевы. Бэкон считался другом ее фаворита графа Эссекса, поэтому она часто приезжала к нему за советом. Пылкий Эссекс так увлекался своей славой, что становился высокомерен со своей покровительницей. Осторожный Бэкон советовал ему быть скромнее, а королеву уговаривал относиться снисходительнее к фавориту. Но когда Эссекс — герой испанской войны и кумир лондонского Сити — потеряв былое доверие королевы и отстраненный от занимаемых должностей, поднимет против нее демонстративный бунт, экстраординарный королевский адвокат Фрэнсис Бэкон выступит с обвинением против него в суде25 февраля 1601 года.
Эссекс был казнен. По просьбе королевы, дабы успокоить подданных, Бэкон написал «Декларацию о действиях и изменах, предпринятых и совершенных Робертом, графом Эссексом».
В марте 1603 года Елизавета скончалась, и на престол вступил ее племянник Яков I, началось царствование династии Стюартов. Бэкон пользуется его благосклонностью. В день коронации короля его жалуют званием рыцаря. Вскоре он женился, а после смерти брата сделался собственником всех владений своего отца. Богатство и видное положение налагали на него обязанности, которые требовали времени.
25 июня 1607 года его назначают штатным адвокатом. Он, разумеется, вскоре оправдал выбор короля. В палате общин Бэкон был лучшим оратором. Он с величайшей ловкостью поддерживал мысль о соединении двух королевств. Его деятельность на этом поприще до сих пор высоко ценится юристами. Еще через пять лет Бэкон получил должность генерал-атторнея — высшего юрисконсульта короны.
Эти годы ознаменовались и подъемом его философско-литературного творчества. Бэкон издает трактат «О значении и успехе знания, божественного и человеческого» (1605), положивший начало воплощению его плана «Великого Восстановления Наук», сборник своеобразных миниатюр «О мудрости древних» (1609), подготавливает второе, значительно расширенное издание «Опытов или наставлений» (1612). По-видимому, в то же время он пишет и трактат «Описание интеллектуального мира», опубликованный только после его смерти.
В1614 году разъяренный требованием прекратить сбор всех не утвержденных палатой налогов, Яков I распускает парламент и в течение почти семи лет правит страной единолично, опираясь лишь на группу своих фаворитов, среди которых на первый план выдвигается Джордж Вилльерс, впоследствии маркиз и герцог Бэкингем — одна из самых одиозных фигур в английской политической жизни того времени.
В этот период начинается новое служебное возвышение Бэкона. В1616 году он назначается членом Тайного совета, на следующий год — хранителем большой печати, в 1618-м — лордом — верховным канцлером и пэром Англии. Король явно благоволит к Бэкону, фамильярно называя его своим добрым правителем, и, уезжая в Шотландию, поручает ему на время своего отсутствия управление государством. В свою очередь лорд-канцлер попадает под влияние «до сумасшествия высокомерного» Бэкингема и оказывается втянутым в целый ряд его неприглядных махинаций. По замечанию историков, годы канцлерства Бэкона были самыми позорными годами ставшего прологом английской революции царствования Якова I.
В государственном аппарате процветали казнокрадство и взяточничество, королевский двор еще никогда не был столь расточителен, в стране усилились политические и религиозные гонения. В сентябре 1618 года Бэкон получил титул барона Веруламского (Верулам — название разрушенного римского городка, который Бэкон затеял вновь построить в древнем стиле).
Тщеславный, купавшийся в роскоши Бэкон равнодушно смотрел, как казнили достойных людей, составлявших честь и славу своего века, только потому, что они не имели счастья угодить Бэкингему.
22 января 1621 года он отпраздновал шестидесятилетие своего рождения в кругу друзей и почитателей, воспетый поэтом Джонсоном, который пользовался такой славой у современников, что его ставили выше Шекспира. Через несколько дней Бэкингем торжественно наградил Бэкона титулом виконта Сент-Альбанского. Но через три дня по инициативе Якова I, остро нуждавшегося в субсидиях, собрался новый парламент. Депутаты высказали свое недовольство ростом монополий, с раздачей и деятельностью которых было связано множество злоупотреблений. Парламент привлек к судебной ответственности наиболее ненавистных предпринимателей-монополистов. Комитет нижней палаты, ревизовавший дела государственной канцелярии, предъявил обвинение во взяточничестве лорду-канцлеру. Король в своем послании общинам предложил образовать специальную комиссию по расследованию этого дела из членов обеих палат. Лорды поддержали обвинение против Бэкона, и он предстал перед судом на котором признал свою вину и отказался от защиты.