После происшествия с головней и блудницей он, по преданию, видел во сне, что два ангела оскопили его огненной веревкой Это было ужасно больно, но дало ему огромную силу, и он проснулся от своего крика. Нетрудно проанализировать этот сон и свести его к деталям прошлого веревка монашеских одеяний, огонь головни. Но сон святого Фомы стал явью. Святой и впрямь исключительно мало интересовался этой стороной жизни. Во всяком случае, у Фомы было очень мало искушений. Тут дело не в добродетели, которая всегда связана с волей. Ему не нужно было противоядие, ибо он не ведал этой отравы. Многое объяснить трудно, это — тайны благодати, но, вероятно, есть истина и в идее сублимации. Все это просто сгорало в горниле его ума.
Мать, видя, что сын не изменил решения, смирилась с судьбой, и Фома летом 1245 года получил свободу, а осенью того же года отправился наконец в Париж.
Во время пребывания в Парижском университете (1245–1248) он слушал лекции Альберта из Кельна, позже прозванного Альбертом Великим, который оказал на Фому огромное влияние.
В1248 году Фома вместе с Альбертом отправляется в Кельн с целью организации там Studium generale — центра по изучению теологии. Здесь будущий создатель томистской философии обучается под руководством своего наставника в течение последующих четырех лет. Фома был медлительный, очень кроткий и великодушный, но не слишком общительный. Товарищи прозвали его Немым Быком. В довершение, отличаясь от всех других высоким ростом, чрезмерной полнотой и неповоротливостью, он получил кличку Сицилийский Бык, хотя родился не на Сицилии, а под Неаполем. Он любил книги, он ими жил; вероятно, предпочел бы сотню книг об Аристотеле всем сокровищам на свете. Когда его спросили, за что он больше всего благодарен Богу, Фома ответил: «Я понял каждую страницу, которую читал». Тем не менее Альберт Великий, разглядевший гениальные способности ученика, произнес пророческие слова: «Вы зовете его Немым Быком. Говорю вам, бык взревет так громко, что рев его оглушит мир».
После почти четырехлетнего пребывания в Кёльне Фома в 1252 году возвращается в Парижский университет, где последовательно проходит все ступени, необходимые для получения степени магистра теологии и лиценциата, после чего преподает в Париже теологию вплоть до 1259 года. Здесь из-под его пера выходит ряд комментариев, трудов и так называемых университетских диспутов, а среди них и комментарии к священному писанию (1254–1256). Здесь он также начинает работу над «Философской суммой» («Против язычников»).
В 1259 году папа Урбан IV вызвал его в Рим, пребывание в котором длилось вплоть до осени 1268 года. Появление Фомы при папском дворе не было случайным. Римская курия усмотрела в Аквинате человека, который способен дать трактовку аристотелизма в духе католицизма. Здесь Фома завершает начатую еще в Париже «Философскую сумму» (1259–1264), пишет ряд работ. Он приступает также к работе над главным трудом своей жизни — «Теологической суммой».
Осенью 1269 года по указанию римской курии Фома второй раз отправляется в Париж. Здесь стоит напомнить мнение Жильсона о мотивах его решения. Он пишет следующее: «Парижский университет в то время вновь становится ареной борьбы, на этот раз уже не между корпорациями (то есть между светским и монашеским духовенством), а между сторонниками различных доктрин. Именно в этот период св. Фома, с одной стороны, одержал победу над Сигером Брабантским и латинскими аверроистами, с другой же — над некоторыми французскими теологами, которые хотели сохранить в неизменном виде принципы августиновской теологии».
В этот период Аквинат пишет вторую часть «Теологической суммы» (1269–1272), комментарии к трудам Аристотеля и много других работ.
За время пребывания в Парижском университете Фома, поглощенный борьбой с аверроистами и работой над своими произведениями, не бывал ни на каких приемах, которыми славился тогдашний Париж. Однако доминиканское руководство рекомендовало ему принять приглашение ко двору французского короля Людовика IX.
Шел он неохотно и, если можно применить это слово к столь кроткому человеку, угрюмо. Когда он вошел в Париж, ему показали с холма сверкание шпилей, и кто-то сказал: «Какое счастье владеть всем этим»; а Фома тихо произнес: «Я бы предпочел рукопись Златоуста, никак ее не раздобуду». Упирающуюся громаду, погруженную в раздумье, доставили в конце концов ко двору, в королевский пиршественный зал. Можно предположить, что Фома был изысканно любезен с теми, кто к нему обращался, но говорил мало, и скоро о нем забыли за самой блестящей и шумной болтовней на свете — французской болтовней. Наверное, и он обо всех забыл; но паузы бывают даже во французской болтовне. Наступила такая пауза и тут.